El río Nilo (النيل en árabe) es el mayor río de África y de los ríos más grandes del mundo y quizás el más importante en lo referido al nacimiento de civilizaciones. La fuente más lejana del lago Victoria es el río Kagera, localizado al noroeste de Tanzania: si se considera éste como fuente del Nilo, su nacimiento sería el curso de agua más largo hasta el Mediterráneo, siendo por ello el Nilo-Kagera el segundo río más largo del mundo, con una longitud de 6.756 kilómetros.

El Nilo tomó su actual configuración al final de la Era Terciaria. Está ubicado al nordeste del continente, nace en Burundi y tiene dos afluentes principales, el Nilo Blanco y el Nilo Azul. El primero atraviesa los Grandes Lagos de África, teniendo su fuente más distante en Ruanda y fluye al norte por Tanzania, el lago Victoria, Uganda y Sudán, mientras que el Nilo Azul comienza en el lago Tana, en Etiopía, y fluye a lo largo del sudeste de Sudán. Ambos se encuentran cerca de la capital sudanesa, Jartum.

La parte del norte del río fluye casi completamente por el desierto, entre Sudán y Egipto, un país cuya civilización ha dependido del río desde hace siglos. La mayor parte de la población de Egipto y todas sus ciudades –a excepción de las del Delta del Nilo y los oasis–, se encuentran a lo largo del valle del Nilo, al norte de Asuán, y la mayoría de los lugares de interés cultural e histórico se hallan a lo largo de las riberas del río. La desembocadura del río conforma el Delta del Nilo, que desemboca en el Mar Mediterráneo.

La cuenca hidrográfica del Nilo comprende 3.254.555 kilómetros cuadrados, aproximadamente el 10% de la superficie de África.

Hay dos grandes ramales del Nilo que se unen en Jartum: el Nilo Blanco, que nace al este de África, y el Nilo Azul, que surge en Etiopía. Ambos brazos se encuentran en los flancos occidentales de la grieta del este de África, en la parte sur del Gran Valle del Rift. Aguas abajo de la confluencia del Nilo Azul y el Nilo Blanco, el único tributario de importancia que queda es el río Atbara, que proviene de Etiopía, al norte del lago Tana. Este río fluye únicamente cuando hay lluvia en Etiopía y se seca muy rápido. Se une al Nilo aproximadamente unos 300 kilómetros al norte de Jartum. Desde el punto de unión hacia el norte el Nilo disminuye de caudal debido a la evaporación.

El curso de Nilo en Sudán es distinto. Atraviesa seis grupos de cataratas desde Asuán hasta Sabaloka (al norte de Jartum), luego da la vuelta para fluir hacia el sur, antes de volver otra vez a fluir hacia el norte. Estos cambios en el fluir del curso se llaman comúnmente «La Gran Curva de Nilo». En el Norte de El Cairo el río se divide en varios ramales que llegan hasta el mar Mediterráneo. Los dos principales son: el ramal de Rosetta al oeste y el ramal de Damieta al este, conformando el Delta del Nilo.

Fuentes del Nilo:
A veces se considera que el origen del Nilo es el lago Victoria, pero el lago es alimentado por muchos otros ríos, algunos de ellos de una longitud y caudal considerables. La principal fuente del Nilo, el curso de agua más distante del Mediterráneo, es el río Kagera, uno de los afluentes de la parte central de la orilla occidental del lago, que desagua cerca de la ciudad tanzana de Bukoba. Dos son las fuentes más lejanas del Kagera y por tanto del propio Nilo:

La ahora considerada fuente del Nilo, que se origina cerca del extremo septentrional del lago Tanganica, en el corazón de bosque tropical de Nyungwe, en la provincia Occidental de Ruanda. Esta cabecera del Kagera, conocida como río Rukarara, según desciende y va incorporando afluentes, cambia varias veces de nombre: primero lleva el nombre de Mwogo, luego el de Nyabarongo; al confluir el Nyabarongo con el Akanyaru da lugar al nacimiento del río Akagera, y, aguas abajo, al recibir éste por la derecha al río Ruvubu, da lugar finalmente al río Kagera. El sistema fluvial Nilo-Nilo Blanco-lago Victoria-Kagera-Alkagera-Nyabarongo-Mwogo-Rukarara tiene una longitud total de 6.756 km.

la llamada fuente Sur o meridional del Nilo, la primera conocida, que se origina en Burundi y es la más caudalosa y austral (y por tanto más alejada del Mediterráneo, que no la más larga). Se encuentra en el extremo oriental de las altas montañas del sur de Burundi, aproximadamente 45 km al este del lago Tanganika, entre Bururi y Rutana, en la fuente del río Luvironza. El Luvironza fluye en el Ruvuvu (también llamado Ruwubu o Ruwuwu), y éste en el Ruvusu, que al confluir con el Akagera da lugar finalmente al Kagera. El sistema fluvial Nilo-Nilo Blanco-lago Victoria-Kagera-Ruvusu-Ruvuvu-Luvironza tiene una longitud de 6.671 km, algo más corta que la fuente ruandesa.

Nilo blanco:
El Nilo abandona el lago Victoria en las cataratas de Ripon, cerca de Jinja, Uganda, con el nombre de Nilo Victoria. Este fluye aproximadamente 500 kilómetros, por el lago Kyoga, hasta alcanzar el lago Alberto. Después de dejar este lago toma el nombre de Nilo Alberto. A partir de aquí fluye en Sudán, donde es conocido como «Bahr Jabal Al» (río de la Montaña o Alto Nilo). El río el-Ghazal (Bahr al-Ghazal) tiene 716 kilómetros de largo y se une al «Bahr Jabal Al» en una pequeña laguna llamada lago No, después de lo cual se le conoce como «Bahr al Abyad» o «Nilo Blanco» debido a la arcilla blanquecina que se encuentra en sus aguas. Del lago No, el río fluye hasta Jartum.

El término Nilo Blanco es usado tanto en un sentido general, refiriéndose al río antes de Jartum, como en un sentido limitado: la sección entre el lago No y Jartum. Desde el lago Victoria hasta la confluencia con el Nilo Azul en Jartum, es la región donde recibe todos sus tributarios, excepto el Atbara, que es de corriente periódica y habitualmente se le denomina Nilo Superior hasta el lago Alberto, y a partir de ahí hasta Jartum, Alto Nilo.

Nilo azul:
El Nilo Azul en Etiopía; Bahr al Azraq en Sudán) nace del lago Tana en las tierras altas etíopes. Fluye aproximadamente 1.400 km hasta Jartum, donde se une con el Nilo Blanco para formar el propio Nilo. El 90% del agua y el 96% del sedimento que transporta el Nilo proviene de Etiopía, y el 59% del agua viene del Nilo Azul, y el resto de los ríos Tekezé, Atbara, Sobat y de pequeños tributarios. La erosión y el transporte de los sedimentos sólo se producen durante la estación lluviosa etíope en el verano, sin embargo, cuando hay precipitación, es especialmente alta sobre el macizo Etíope; el resto del año, los grandes ríos de Etiopía (Sobat, Nilo Azul, Tekezé y Atbarah) fluyen débilmente.

Nilo medio:
Esta zona del río se extiende desde Jartum hasta Asuán. Es una región seca y árida que atraviesa una meseta desierta ya que no posee otros afluentes que no sean el Atbarah. Este tramo tiene una longitud aproximada de 1.800 kilómetros, y se caracteriza por las seis cataratas que posee. La primera de ellas se encuentra en Asuán, la segunda en Wadi Halfa, la tercera en Kerma, la cuarta entre Abu Hamed y Dongola, la quinta está a 45 kilómetros de Berber y la última, la sexta está a 80 kilómetros de Jartum.

Nilo inferior:
Esta zona que abarca principalmente el delta del Nilo es el territorio conformado por los fértiles depósitos aluviales del río Nilo desde Asuán hasta desembocar en el mar Mediterráneo y está compuesto por canales que irrigan el valle y la depresión de Fayum, siendo posible navegar por el río. El delta está al norte de Egipto y tiene forma de letra griega Delta (Δ), de ahí el nombre dado por los antiguos griegos.

Es uno de los deltas más grandes del mundo, abarcando aproximadamente desde Alejandría en el oeste a Puerto Saíd en el este, con 230 km de costa mediterránea, y hasta la ciudad de El Cairo por el sur. Es una región fértil, muy apta para la agricultura y densamente poblada. En el antiguo Egipto estas tierras eran denominadas el Bajo Egipto.

Hasta la construcción de la presa de Asuán, se estima que el delta aumentaba de superficie una media de un kilómetro cuadrado anualmente, o unos cuatro metros de longitud, a causa del aporte de limos. Desde épocas de la primera dinastía el delta ha incrementado su superficie unos tres mil kilómetros cuadrados.